李克用因功进爵为晋王，派遣掌书记李袭吉入朝谢恩。
　　李克用通过李袭吉对昭宗密奏道："比年以来，关辅不宁，乘此胜势，遂取凤翔，一劳永逸，时不可失。臣屯军渭北，专俟进止。"昭宗谋于近臣，有人说："茂贞复灭，则沙陀大盛，朝廷危矣！"于是昭宗赐李克用诏书，褒其忠款，并说："不臣之状，行瑜为甚。自朕出幸以来，茂贞、韩建自知其罪，不忘国恩，职贡相继，且当休兵息民。"克用奉诏而止。既而私下对诏使说："观朝廷之意，似疑克用有异心也。然不去茂贞，关中无安宁之日。"此后朝廷又颁诏免李克用入朝，将佐有人不满道："今密迩阙庭，岂可不入见天子！"李克用犹豫未决，盖寓（李克用重臣）对克用说："向者王行瑜辈纵兵狂悖，致銮舆播越，百姓奔散。今天子还未安席，人心尚危，大王若引兵渡渭，窃恐复惊骇都邑。人臣尽忠，在于勤王，不在入觐，愿熟图之！"李克用大笑说："盖寓尚不欲吾入朝，况天下之人乎！"于是上表称："臣总帅大军，不敢径入朝觐，且惧部落士卒侵扰渭北居人。"于是，李克用引兵东归。表至京师，上下始安。诏赐河东士卒钱三十万缗。李克用既去，李茂贞骄横如故，河西州县多为李茂贞所据，以其将胡敬璋为河西节度使。（按：盖寓是李克用的谋主，爵封成阳郡公。）

　　昭宗不准李克用入京觐见，李克用不愿留下胁迫皇帝的话柄，于是率兵返回河东。当初，李克用屯兵渭北，李茂贞、韩建惧怕，于是事朝廷之礼甚恭。李克用一走，李茂贞、韩建又恢复了往日的骄横之态。
　　这里不得不说是昭宗的重大失策，李克用有大功于朝廷，但是却不能对其推心置腹，百般猜疑。反之，李茂贞以下犯上，逼迫朝廷、屠杀大臣，却轻轻赦免，如此赏罚不明，怎能成大事呢？此时即便不杀李茂贞与韩建，也应将他们逐离京师之地，怎么能继续让他们在左右掣肘呢？所以，后来李克用哀叹说：“听我之言，岂有今日之患！”
　　昭宗回到长安后，感到之所以被强藩欺凌，都是由于禁军战斗力不足，于是重新组建禁军，于神策两军之外，又增设安圣、捧宸、保宁、宣化等军，招募数万人，并诸王率领。延王李戒丕、覃王李嗣周又自行招募数千人。对于朝廷加强军事力量的举动，李茂贞非常不安,认为这是在为讨伐自己做准备,于是扬言要入京申冤。京师士民争相逃匿于山谷。
　　昭宗于是命令通王李兹、覃王李嗣周、延王李戒丕分别率领诸军防卫近畿，延王李戒丕屯兵于三桥。李茂贞认为这是讨伐自己的举动，于是上表说：“延王无故称兵讨臣，臣今勒兵入朝请罪。”昭宗赶忙遣使告急于河东，向李克用求救。
　　乾宁三年，李茂贞逼近长安，禁军战败，昭宗决定移驾河东，投靠李克用。当昭宗行至渭北，华州节度使韩建派其子李从允奉表面见皇帝，请求移驾华州。昭宗起初不允，后来韩建奉表相继，再三请求，昭宗动摇了。
　　当昭宗车驾行至富平，遣宣徽使元公讯召见韩建，面议去留。在富平的这次谈话，是一次重要的谈话，昭宗最终还是被韩建的表象蒙蔽，最终酿成大错。

　　韩建见到昭宗后，顿首涕泣，说道：“方今藩臣跋扈者，非止茂贞。陛下若去宗庙园陵，远巡边鄙，臣恐车驾济河，无复还期。今华州兵力虽微，控带关辅，亦足自固。臣积聚训厉，十五年矣，西距长安不远，望陛下临之，以图兴复。”昭宗以为韩建出于真心，最终决定，听从韩建的建议，驾幸华州，以府署为行宫，韩建视事于龙兴寺。这样，韩建达到了挟天子以令诸侯的目的。李茂贞遂入长安，自中和年间以来所葺宫室、市肆，燔烧俱尽。

　　韩建控制了皇帝以后，移檄诸道，要求把税赋钱粮全部输送到华州。李克用在得到檄文后，仰天长叹，说道：“去年听我之言，岂有今日之患！”又说：“韩建为李茂贞张目，弱皇室，不为李茂贞所擒，必为朱全忠所掳。”此后果如李克用所言。李克用在这一时期与朱全忠作战失利，心有余而力不足，一时无力勤王。
　　昭宗初到华州，韩建还是比较恭敬的，时间一长，就逐渐露出了真面目。他频频干预朝政，因为不喜欢宰相崔胤，就逼迫昭宗罢去其相位，于是崔胤求助于朱全忠，并且劝说朱全忠在洛阳营建宫室，把皇帝迁到洛阳。朱全忠认为这是一个好主意，于是一边上表请求迁都洛阳，一边要求恢复崔胤的相位。朱全忠是强镇，韩建当然非常惧怕，于是让昭宗恢复了崔胤的相位，但同时表示不愿迁都洛阳。

　　昭宗心里明白，之所以走到今天这步田地，都是因为中央没有一支强大的军事力量。昭宗到华州时，禁军也随同来到华州，虽然军事力量仍然不是很强，但是仍然由亲王掌典禁军。对此，韩建心中十分不安，于是开始密谋解散禁军，铲除诸王。
　　韩建向昭宗提出解散禁军，昭宗当然不会同意。一日，昭宗登齐云楼，西北顾望京师，作《菩萨蛮辞》三章以思归，其卒章曰：
　　野烟生碧树，
　　陌上行人去。
　　安得有英雄，
　　迎归大内中。

　　酒酣，与从臣悲歌泣下。
　　昭宗久在华州，一心想要回宫，与韩建的矛盾不断激化。韩建视随驾而来的诸王和禁军如眼中钉、肉中刺。乾宁四年（897年）正月，韩建与李巨川合谋，指使城将张行思、花重武诬告睦、济、韶、通、彭、韩、仪、陈八王谋杀韩建，再劫驾去河中，并将张行思所告奏于昭宗。昭宗大惊，召见韩建，希望与他申辩，韩建却称疾不出。于是昭宗又派诸王造访韩建府上自陈，韩建也是闭门不见。
　　韩建又上表称：“诸王忽诣臣理所，不测事端。臣详酌事体，不应与诸王相见。”又举七国之乱及西晋八王之乱的例子称：“诸王当自避嫌疑，不可轻为举措。陛下若以友爱含容，请依旧制，令（诸王）归十六宅，妙选师傅，教以诗书，不令典兵预政。”
　　并且请求解散诸王所率的军队，只留殿后兵三十人为控鹤排马官，隶飞龙坊。韩建担心昭宗不从，率麾下精兵包围行宫，连续上表。昭宗不得已，当夜诏令诸王所领军士放归田里，勒令诸王回归十六宅，其甲兵都交给韩建掌管。韩建又奏称：“陛下选贤任能，足清祸乱，何必另置殿后四军？而且招募的都是坊市无赖奸猾之徒，平时就想着惹是生非，临难必不能用，却让他们张弓挟刃接近皇帝，臣私下感到寒心，乞求都罢去。”昭宗不得已只得听从。于是殿后四军二万余人全部被解散，天子至此没有了亲军。

　　捧日都头李筠昔日在王行瑜、李茂贞图谋劫驾时护驾功居第一，韩建又率精兵数千包围行宫，逼昭宗下诏杀李筠。昭宗害怕，不得已下诏同意，韩建就在大云桥斩杀了李筠。至此昭宗悉散殿后及三都卫兵，幽诸王于十六宅。

　　韩建已将诸王幽禁，又奏请立皇长子德王李祐为太子、拜未封王皇子为亲王，试图以此缓解与昭宗的关系，掩盖恶名。昭宗乃立李祐为皇太子，更名李裕，打破了唐武宗以来不立储君的惯例。