《三国志》孙坚本传则说得冠冕堂皇一些：孙坚以牛、酒为礼物去拜访张咨，张咨第二天只好来孙坚军营答谢。孙坚设宴款待。酒酣，孙坚的主簿进来禀报说，日前有文书传给张太守，但至今道路尚未修整，军用钱粮也未备足，应将他逮捕问个明白。张咨见势头不好，想要离去，但“兵陈四周不得出”。不一会，主簿又进来向孙坚请示：“南阳太守稽停义兵（有意阻止义军前进），使贼不时讨，请收出案军法从事。”遂将张咨推出军门斩首。

　　孙坚杀张咨后，“郡中震栗，无求不获”。此时，恰好袁术出逃至南阳，孙坚便前往鲁阳（今河南鲁山），与袁术相见，主动将南阳让给袁术。同时，刘表也上表以袁术为南阳太守，袁术遂据有南阳。袁术为将孙坚控制在自己手里，则表荐孙坚“行破虏将军，领豫州刺史”。三十五岁的孙坚遂以封疆大吏的身份“治兵于鲁阳城”（《三国志·吴书·孙破虏讨逆传》），自南进军讨董。
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　　初平二年（公元191年），孙坚率军向梁（今河南临汝西）东进发，进攻洛阳，被董卓大军所攻。孙坚部全面溃败，孙坚只带了数十骑溃围而出。据说孙坚常戴红色的头巾，董卓军便以戴红头巾者为追赶的目标。情急之下，孙坚让亲信部下祖茂戴上红头巾吸引追兵，这才有机会从小道逃出重围。祖茂则被追得狼狈不堪，差点脱不了身。
　　初战失利，孙坚并未气馁，他很快收容散卒，将部队召集起来，驻扎阳人（今河南临汝境）。董卓也遣陈郡太守胡轸、骑督吕布将步骑五千迎击。胡轸其人爱说大话，不得人心，同吕布也有矛盾。吕布有意让胡轸兵败出丑，他明知城中有备“不可掩袭”，却故意散布阳人城中敌兵已经逃跑的谣言，鼓动胡轸立即追击，不然将失掉战机。胡轸信以为真，傻乎乎的连夜进兵，士马劳累，攻城又不下，刚要解甲休息，吕布等又诡称敌人从城中杀出来了。黑夜中，军众不明真假，扰乱奔走，“皆弃甲，失鞍马”（《三国志·吴书·孙破虏讨逆传》注引《英雄记》），十分狼狈。孙坚乘势出城追击，阵斩骁将华雄，胡轸全军溃败。

　　孙坚阳人一役获胜，名声大起，威望更著。有人乘机挑拨袁术，说：孙坚倘若占据洛阳，发展势力，将难以制约。如果任其发展，岂不是除却一狼，又增一虎吗？于是袁术怀疑起孙坚来，断了孙坚的军粮供应。孙坚军中无粮，焦虑万分。阳人距离袁术所居鲁阳一百多里，孙坚连夜驰奔鲁阳，拜见袁术，说：我所以如此献身不顾，上是为国家讨伐逆贼，下是为将军报家门私仇。我与董卓“非有骨肉之怨”（《三国志·吴书·孙破虏讨逆传》），而将军却听信小人拨弄之言，居然对我起怀疑！袁术被孙坚说的很尴尬，无奈之下只好调发军粮。

　　应当注意的是，此时北方正是以袁绍为盟主的联军畏缩不前的时候。正如《三国志·魏书·武帝纪》所说：“卓兵强，绍等莫敢先进”，“诸军兵十余万，日置酒高会，不图进取”。当时，曹操人马不过三千，就军事力量而言，远不及孙坚。至于刘备，更是困难户。他被农民军赶出高唐，无处安身，只好投奔了公孙瓒，刚被公孙瓒用为别部司马。《三国志·蜀书·先主传》注引《英雄记》说：“天下大乱，备亦起军从讨董卓。”所谓“从讨”，表明他还没有一支像样的独立的武装，而是作为公孙瓒的部属参加了战争。从正式的文献记载来看，公孙瓒和刘备在讨董战争中，没有什么突出的贡献，只是做了一些策应性的行动。

　　正因为如此，董卓不怕关东群雄。据《三国志·吴书·孙破虏讨逆传》注引晋人华峤《山阳公载记》记载，董卓曾对部下长史说：“关东军数败矣，皆畏孤，无能为也。惟孙坚小戆（gàng 意为愣头愣脑），颇能用人，当语（应该告诫）诸将，使之忌之。”又说：“但杀二袁、刘表、孙坚，天下自服从孤耳。”可见当时董卓并没有把曹操、刘备放在眼中。
　　董卓忌惮孙坚勇猛，特派将军李傕等为使“来求和亲”，并且让孙坚开列能任刺史、郡守的子弟名单，答应上表任用他们。孙坚予以回绝，愤然道：“卓逆天无道，荡覆王室。今不夷汝三族，悬示四海，则吾死不瞑目。岂将与乃和亲邪？”（《三国志·吴书·孙破虏讨逆传》）
　　孙坚拒绝董卓求和亲后，进军大谷（今河南洛阳南），距洛阳九十里。董卓亲自率军与孙坚战于诸帝陵间，董军大败。董卓留吕布守洛阳以为掩护，自己退保黾池（今河南渑池）和陕城（今河南陕县）。这说明，董卓在洛阳已很难立足了。不久，孙坚攻破洛阳，吕布败走。
　　当时洛阳已被董卓破坏得满目疮痍，“旧京空虚，数百里中无烟火”（《三国志·吴书·孙破虏讨逆传》注引《江表传》）。孙坚见此情景，不由的惆怅流涕，于是下令修复诸帝陵，清扫宗庙。据《三国志·吴书·孙破虏讨逆传》注引《吴书》所载，孙坚在清扫宗庙、平塞诸陵的时候，得到了传国玉玺：“坚入洛，扫除汉宗庙，祠以太牢。坚军城南甄官井上，旦有五色气，举军惊怪，莫有敢汲。坚令人入井，探得汉传国玺，文曰‘受命于天，既寿永昌’，方圆四寸，上纽交五龙，上一角缺。初，黄门张让等作乱，劫天子出奔，左右分散，掌玺者以投井中。”【对于孙坚入洛阳是否得到汉朝传国玉玺，一直以来有不同意见。晋人虞溥《江表传》和南朝宋人裴松之认为没有这回事。晋人虞喜《志林》和晋人华峤《山阳公载记》则认为确有其事，并且记载后来被袁术夺走：“袁术将僭号，闻坚得传国玺，乃拘坚夫人而夺之。”】

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　　孙坚入洛阳后，声名大振。这时董卓尚未消灭，各路军阀争夺地盘的战争便已开始。以袁绍为盟主的讨董联盟分裂之势已成，合力消灭董卓的条件也就不复存在了。孙坚为此在战略上做出重大调整，进入了谋划地盘、周旋于军阀之间、扩大基业的新阶段。由于大势所在，孙坚尚无“独树一帜”的力量和威望，他不能不依附于一方。初平二年（公元191年）三月，孙坚引军还鲁阳，试图首先在豫州发展。

　　当时，关东群雄都力求相互兼并以自大。袁绍、袁术虽为兄弟，但矛盾很深，互相之间尔虞我诈，勾心斗角。《三国志·魏书·董二袁刘传》载，袁术既与割据冀州的袁绍有矛盾，又与邻近的荆州刺史刘表不和，因而北连幽州的公孙瓒；而与幽州咫尺之隔的袁绍对公孙瓒又视若仇敌，转而和荆州的刘表结为盟友。曹操在力量尚感不强的时候，毫不犹豫地站在袁绍一边。
　　孙坚面对这种形势感到很痛心，他叹息道：“同举义兵，将救社稷，逆贼垂破而各若此，吾当谁与戮力乎！”（《三国志·吴书·孙破虏讨逆传》注引《吴录》）意思是，我们同举义兵，目的是为了挽救江山社稷。如今逆贼将被扫灭，内部却这样争斗起来，我能同谁戮力同心，以救社稷呢！孙坚对于军阀混战不以为然，但此时既然已经依附袁术，自然不难抉择，便站到了袁术一边。袁绍也将孙坚视为敌人，命周喁为豫州刺史，取代孙坚豫州刺史的位置，袭夺鲁阳，被孙坚击败【注：《资治通鉴·汉纪五十二·汉献帝初平二年》对此记载不同：“术遣孙坚击董卓未返，绍以会稽周昂为豫州刺史，袭夺坚阳城。”卢弼《三国志集注》认为《通鉴》记载有误。此从《三国志·吴书·孙破虏讨逆传》注引《吴录》、《会稽典录》】。

　　初平三年（公元192年），袁术遣孙坚攻刘表，公孙瓒也派刘备与袁术共谋击袁绍。刘表派黄祖率军在樊、邓（均在今湖北襄樊境）一带迎击孙坚。孙坚击破黄祖后，追过汉水，包围了襄阳（今湖北襄樊）。《三国志·吴书·孙破虏讨逆传》载，孙坚“单马行岘山（今湖北襄樊南），为（黄）祖军士所射杀”。鱼豢《典略》记载得更详细些：“（孙）坚悉其众攻（刘）表，表闭门（自守），夜遣将黄祖潜（秘密）出发兵。祖将兵欲还，坚逆与战。祖败走，窜岘山中。坚乘胜夜追祖，祖部兵从竹木间暗射坚，杀之。”不过，荀绰《英雄记》记载的则是另一种情节：“刘表将吕公将兵缘山向坚，坚轻骑寻山讨（吕）公。（吕）公兵下石，中坚头，应时脑出物故。”《三国演义》第七回“袁绍磐河战公孙，孙坚跨江击刘表”中采用了荀绰的说法，并加写了黄盖“生擒黄祖”、程普“刺吕公于马下”和孙策“以黄祖换父尸”等诸多虚构情节。

　　孙坚死时年三十七（《英雄记》载孙坚死于初平四年。《通鉴》则记载为初平二年），英年早逝。孙坚死后，其侄孙贲立即撤军，扶送灵柩，归附袁术，从而保全了孙坚苦心经营数年所建立起来的军队。由于当时袁术、袁绍兄弟矛盾激烈，于是袁术表孙贲为豫州刺史。刺史是相对独立的封疆大吏，袁术当时也不过是扬州刺史。孙贲继孙坚复为豫州刺史，这对袁术来说，自然不便统制。所以不久，袁术又去掉了孙贲的豫州刺史头衔，“转丹杨都尉，行征虏将军”（《三国志·吴书·宗室传》）。这样，孙坚部众基本被袁术控制。